Bereits 1535 wird die Kirche zum Begräbnisplatz der Ernestinischen Linie des Hauses Baden bestimmt. Bis 1860 finden fast alle Angehörigen des evangelisch gewordenen Zweiges des Fürstenhauses hier ihre letzte Ruhe. Von 1689 bis 1692 leidet die Kirche unter den Zerstörungen des Orléanis’schen Krieges und verliert ihr gesamtes Inventar. Erst im 19. Jahrhundert erfolgen umfangreiche Restaurierungsmaßnahmen die den Bau retten. Das Ende des ehrwürdigen Gotteshauses scheint am 23. Februar 1945 gekommen zu sein, als Fliegerbomben schwerste Schäden anrichten. Unter unermüdlichem Einsatz der „Stiftung der Freunde der Schloßkirche e.V.“ gelingt die beinahe vollständige Wiederherstellung, sodass am 22.09.1957 St. Michael neu geweiht werden konnte.
Die Schloß- und Stiftskirche St. Michael ist mit dem nebenan gelegenen Archivturm der einzige größere Rest des mittelalterlichen Stadtbilds der beim Luftangriff am 23. Februar 1945 schwer beschädigten Stadt. Das die Kirche umgebende Residenzschloss in Pforzheim ging ab dem 18. Jahrhundert vollständig verloren, lediglich der Archivbau blieb erhalten. Stilistisch sind an der Maulbronner Klosterkirche Anklänge zu finden wie die Steinmetzzeichen bezeugen, die um 1200 auch in Maulbronn angebracht wurden. In einem spätgotischen Anbau der Kirche, dem so genannten Reuchlinkolleg, wurde 1922 das Reuchlinmuseum eingerichtet, das Johannes Reuchlins Bibliothek der Öffentlichkeit zugänglich machte.

Ihre Wiederherstellung unter Leitung des Staatlichen Hochbauamtes und mit Unterstützung der Stiftung der Freunde der Schlosskirche erfolgte bis 2008.

Der „Bund Heimat und Umwelt in Deutschland“ (BHU) kürte die Schloßkirche zum Kulturdenkmal des Jahres 2021.